Nachdem er sich in Green Hills niedergelassen hat, will Sonic beweisen, dass er das Zeug zu einem wahren Helden hat. Er wird auf die Probe gestellt, als Dr. Robotnik mit seinem neuen Partner auf der Suche nach einem mystischen Smaragd zurückkehrt, der die Macht hat, Zivilisationen zu zerstören. Sonic schließt sich mit seinem Freund Tails zusammen und gemeinsam begeben sie sich auf eine Reise um die Welt, um den Smaragd zu finden, bevor er in die falschen Hände gerät.